Hægt er að umbrotna matvælaaukefni í mannslíkamanum, en sérstök umbrot eru háð mörgum þáttum.
Matvælaaukefni fela aðallega í sér rotvarnarefni, herða, bragðefni o.s.frv. Ef innihald matvæla í matvælum er innan ávísaðs sviðs og aðeins lítið magn er tekið inn, þá er það venjulega hægt að skilja það út úr líkamanum með frásogi og meltingu manna og veldur almennt ekki augljósum skaða. Hins vegar, ef innihald matvæla í matvælum er of mikið og fer yfir ávísað svið, getur langtímainntaka valdið skemmdum á mörgum líffærum eins og lifur og nýrum.
Umbrotstími aukefna í matvælum er mismunandi eftir tegund, skammti og einstaklingsástandi. Náttúruleg aukefni eins og C-vítamín skiljast auðveldlega út fljótt um vatnsleysanlegar leiðir en tilbúið aukefni geta tekið lengri tíma að umbrotna. Heilsa meltingarkerfisins, lifrarstarfsemi og einstaklingsmismunur (svo sem aldur, kyn, erfðaþættir osfrv.) Hefur áhrif á efnaskiptahraða. Sem dæmi má nefna að fólk með venjulega lifrarstarfsemi getur venjulega umbrotið flest mataraukefni hraðar en óeðlileg lifrarstarfsemi getur leitt til hægari umbrots. Að auki geta háir skammtar af aukefnum í matvælum tekið lengri tíma að umbrotna að fullu og geta aukið byrðar á líkamann.
Ekki er víst að sumar tegundir af aukefnum í matvælum séu umbrotnar í mannslíkamanum. Sem dæmi má nefna að gervi sætuefni eins og aspartam og sakkarín eru yfirleitt ekki umbrotna í orku og óhófleg neysla getur valdið óþægindum í meltingarvegi hjá sumum. Rotvarnarefni eins og natríum bensóat og kalíum sorbat eru ekki melt og frásogast í mannslíkamanum og óhófleg neysla getur valdið óþægindum í meltingarvegi hjá sumum. Tilbúinn litarefni eins og tartrat og karmín er að mestu erfitt að brjóta niður af mannslíkamanum og geta valdið ofnæmisviðbrögðum eða hegðunarbreytingum, sérstaklega hjá börnum.